公司通过绩效考核扣减底薪是否合法，取决于劳动合同约定。依据《劳动合同法》，若合同中有约定绩效工资，则扣减合法；若无约定，则扣减违法。未及时纠正可能导致劳动纠纷及赔偿。
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公司扣底薪应对：1.查看劳动合同，确认是否有绩效工资约定；2.若无约定，与公司沟通要求恢复底薪；3.沟通无果，向劳动监察投诉或申请劳动仲裁；4.保留证据，如工资条、合同等，以备不时之需。
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处理公司扣减底薪问题，常见方式有协商、投诉、仲裁。应先尝试与公司协商；协商无果可向劳动监察部门投诉；仍无法解决则可申请劳动仲裁，根据合同约定选择合适方式。