应核对两份文件差异，并咨询律师明确法律效力。依据《民事诉讼法》，起诉书是诉讼依据，协议书是双方约定，内容不一可能致权益受损，需及时处理以避免法律纠纷。
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离婚协议与起诉书内容不一，需处理。操作如下：1.仔细核对两份文件，明确差异点；2.咨询律师，了解差异对权益的具体影响；3.差异小则与对方协商修正协议；4.差异大且无法协商，则依据起诉书内容提起诉讼，维护自身权益。
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常见处理方式为咨询律师后，根据实际情况选择修正协议或依据起诉书进行诉讼。若差异较小，可协商修正；若差异大且影响权益，则应通过诉讼解决。