公司最终受益人的指定方是股东。依据《中华人民共和国公司法》，股东享有资产收益权，清算时按出资或股份比例分配剩余财产。未及时处理可能导致权益受损或分配不公。
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处理公司最终受益人问题，常见方式是明确股东身份及权益。根据《公司法》规定，通过股东名册、工商登记等确认股东，再依据法律规定处理相关事宜。选择方式需结合公司实际情况和法律规定。
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公司最终受益人由股东指定。具体操作：1.查阅公司章程和股东名册，确认股东身份；2.如公司清算，按《公司法》规定顺序支付费用后，按股东出资或股份比例分配剩余财产；3.确保分配过程合法、公正，避免纠纷。